Все действие игры Skullgirls закручено вокруг волшебного предмета Сердце-Череп, способного исполнять женские желания. Все бы хорошо, если у победительницы или команды победителей оно чистое. А если это не так, то артефакт превращается в ужасную вещь способную только к разрушению. И победительница превращается в недобрую и злобную Skullgirl, неспособную к добрым делам.
Две команды участвуют в сражении. В каждой до трех персонажей, очень красочных, как раз в стиле аниме. Во время файтинга нужно вывести из строя всех соперников и сохранить как можно больше жизненной силы для последующего раунда. Применять можно как подручное оружие, так и блоки, уникальные удары, которыми обязательно владеет каждый персонаж.